В 2021 году Дубов помогал Магнусу Карлсену во время подготовки к матчу за звание чемпиона мира, в котором участвовал россиянин Ян Непомнящий. После матча, в связи с этим некоторые российские шахматисты выразили свое недовольство[14][15][16]. В частности, российский гроссмейстер Сергей Карякин, претендент на звание чемпиона мира по шахматам в 2016 году (матч так же проходил против команды Магнуса Карлсена), в своём твиттере высказался следующим образом:
«Представьте, что вам нужно сыграть матч на первенство мира против Карлсена. Примешь ли ты помощь, скажем, … Хаммера или Тари?»[17]

а позже, в одном из интервью обозначил свою позицию следующим образом:
«Мне бы такое даже в голову не пришло. Я бы такое даже не рассматривал, ровно как и не пытался бы переманить кого-то из норвежцев. Я бы так никогда в жизни не поступил, но пусть это будет на его совести. Даня — сильный гроссмейстер, но его действия не находят у меня понимания»[18]

Также в критику Дубова высказались бывший исполнительный директор Российской шахматной федерации Илья Левитов:
«Вчера вечером стало известно, что Магнусу на матче помогал Даниил. Я, честно говоря, не поверил сперва, но оказалось, правда. Как-то не могу уложить это в своей голове. Даниил так любит рассказывать, как он гордится выступать за сборную России, что у нас великая шахматная держава и мы всегда должны побеждать»[19]

Гроссмейстер Сергей Шипов:
«— Эх, Даня, Даня… Ну зачем? За сколько? Почему нельзя было один матч отдохнуть… или прокомментировать его на любом интернет-ресурсе — ярко и талантливо! А теперь семена раздора брошены в сборную России. Получается классическая ситуация „чужой среди своих“. P. S. Думаю, что теперь Дубов не будет играть за сборную России. И это правильно»[19]

Сам Ян Непомнящий в интервью championat.com, задолго до старта матча на вопрос журналиста «- По поводу Дубова вы сказали: „Не хочется его делать слугой двух господ“. То есть с одним „господином“ он всё-таки продолжит работать?» ответил, «- Петер Хайне Нильсен (нынешний тренер Магнуса) раньше много лет работал с Виши Анандом. В какой-то момент он сменил штаб — ушёл к Магнусу. Если правильно помню, то в первом матче Карлсен — Ананд он не помогал никому. Не готовил Магнуса к игре против бывшего коллеги.»[20]. После окончания матча за звание чемпиона мира, где Ян Непомнящий уступил действующему чемпиону Магнусу Карслену, Ян заявил, что он замечал идеи Даниила Дубова по ходу матча и считает, что именно после них он был ближе всего к победе, отметив, в частности, вторую и шестую партии:
«Но от лица команды мы должны поблагодарить Дубова, потому что самые большие шансы на победу в отдельных партиях у меня были после тех идей, которые, судя по всему, принадлежат перу Даниила. Прежде всего это вторая партия. Очень интересная идея в „каталоне“, нужно отдать должное. Если до этой партии были некоторые сомнения относительно того, входит ли Даниил в команду Магнуса, то после неё они практически исчезли. Также, насколько я понимаю, в шестой партии порядок ходов был избран не без влияния Дубова. В принципе, и там и там у меня были довольно неплохие шансы на победу. Так что, помимо прочего, хочу поздравить его с большим успехом!»[21]

В ответ на критику Дубов сказал:
«То, что это может кому-то не понравиться — не новость. Не первый раз с этим сталкиваюсь. Отношусь к этому сравнительно спокойно. Для меня в этом проблемы нет. Думаю, для Яна тоже. Не знаю, откуда идёт, что россиянин не должен помогать иностранцу готовиться к титульному матчу с россиянином. Не от большого ума, наверное. Есть какие-то имперские амбиции — все против нас, все — враги. Особенно если у нас что-то не получается. Вообще логически на это всё можно взглянуть иначе. С точки зрения сборной России: один из лучших российских шахматистов, сравнительно молодой, поработал с лучшим шахматистом в истории — набрался опыта, который поможет в карьере. Например, после моего предыдущего сотрудничества с Магнусом я выиграл чемпионат мира по быстрым шахматам. Так тоже можно смотреть на ситуацию. А можно видеть именно в контексте свои — чужие»[22]